Alerji, bağışıklık sisteminin anormal cevabından kaynaklanan bir durumdur. Aslında alerjen denilen maddeler zararsız çevresel proteinlerdir. Alerjik olmayan kişilerde bu tür maddelere karşı hiçbir reaksiyon görülmez. Alerjik kişilerin bağışıklık sistemi ise bu tür maddeleri görür ve onlara aşırı cevap verir. Verdiği cevap esnasında ortaya çıkan bazı savunma maddeleri vücudun kendi hücre ve dokularına zarar verir. Bağışıklık sisteminin dışarıdan gelen yabancı maddelere karşı ne şekilde cevap vereceğini düzenleyen, tip I ve tip II yardımcı T hücreleri tüm bu olaylarda belirleyicidir. Mikroplara karşı korunmayı sağlarken aynı zamanda alerjiyi oluşturan maddelerin de yapımından sorumludur ve alerjik hastalıkların oluşmasına neden olurlar. Her iki hücre birbirlerini baskılayan ve aslında bir denge halinde olan hücrelerdir. Denge hali genetik, çevresel vb. nedenlerle “tip II” hücreye doğru kayarsa alerjik hastalık gelişme riski de artar. Bağışıklık sistemi etkilendiği için, alerjik hastalar enfeksiyonlara da yatkındırlar
