Aktif bir nörolojik hastalığın varlığı, aşılanma konusunda mutlak kontrendikasyondur.
Anamnezinde konvülzif nöbetler olan bir bebeğin aşılanması sırasında da dikkatli olmak gerekir. Bu bütün aşılar için doğrudur ama, öncelikle boğmaca ve çiçek aşıları için önemle göz önünde bulundurulmalıdır.
Boğmaca aşısını ayrıca yapmak ve bağ ışıklama programını, alerjik çocuklardakine benzer bir şekilde son derece tedrici bir şekilde gerçekleştirmek, ayrıca da bu sırada bir antikonvülzif ilaç kullanmak, yerinde olur25. MANDE, aşılamaya normal dozun dörtte biriyle başlanmasını önermektedir; eğer doz iyi tolere edilirse, daha sonra yavaş yavaş artırılabilir ve üçüncüsü, tam doz olarak uygulanabilir. Ancak bu vakalarda dördüncü bir enjeksiyona ihtiyaç vardır. Düşük dozu iyi tolere edemeyen hastalarda ise sonraki enjeksiyonların ertelenmesi ve aşılamanın ileri bir tarihe bırakılması uygundur.
Aynı şey, epileptik çocuklarda da geçerlidir; aşılama işlemleri gardenal-aspirin veya diazepam koruması altında yapılmalıdır.
Infantil ensefalopati vakalarında veya obstetrik travmaların nörolojik veya mental sekelleri bulunan çocuklarda yaşamın ilk yılı sonuna kadar hiç aşı yapılmamalıdır.
Çocukluk çağında ender görülen bir hastalık olan multiplskleroz vakalarında inaktive aşılar kullanılabilir ama eğer hastalara kortikosteroid veriliyorsa, canlı virüs aşıları yapılmamalıdır.
Trizomi 21 vakası olan çocuklar bütün aşıları olabilir ve bunlar, mutlaka yapılmalıdır. Anamnezlerinde konvülzif nöbetler olan vakalarda boğmaca aşısı, bu kuralın dışında tutulabilir.
Mongollar acaba aşılanmaya gereken yanıtı verebilir mi? Yapılan çalışmaların sonuçları, bu yanıtın zayıf olduğunu göstermektedir.
Trizomili çocuklarda influenza aşısını inceleyen GORDON ve arkadaşları27, aşılanma sonrası antikor oluşumunun pek iyi olmadığını bildirmişlerdir.
Önceleri SIEGEL, daha sonra da GRIFFITH ve arkadaşları6129 tetanoz aşısından sonraki antikor fitresinin, kontrol grubuna göre önemli derecede düşük olduğunu bulmuşlardır.
GREEN ve arkadaşları28, poliomiyelit, kızamıkçık ve kızamık aşılamasından sonraki antikor fitrelerini incelemişler ve genç mongollarla normal kontroller arasında fark bulamamışlardır. Ancak ileri yaştaki mongollarla normal kontrollar arasındaki fark, istatistik bakımdan ileri derecede anlamlıdır.
Serokonversiyon oranını ve antikor titrelerini analiz eden TROISI ve arkadaşları68, trizomi vakalarıyla normal popülasyon arasında fark görememişler; trizomili hastalardaki değerlerin, bağışıklık sorunları olan hastalardakinden veya hemodiyaliz vakalarındakinden önemli ölçüde düşük olduğunu görmüşlerdir