Araştırmalara göre uzmanlar 17 ve 21 yas olması gerektiğini söylüyorlar. Tanı sonrası acilen tedavi yapılması gereken çoğu tıbbi durumun aksine vajinal agenezi olgularına hemen müdahale edilmez. Hastanın kendini tedaviye hazır hissetmesini beklemek gerekir. Hasta karar verdiğinde tedavi seçenekleri sunulur ve bu sürece aktif olarak katılması sağlanır. Birçok hasta ve aile, tedavi için ergenlik dönemini beklemeyi seçer.
Hastaların cinsel hayatlarını sürdürebilmeleri için normal uzunlukta bir vajina oluşturulmalı. Kısa ve dar vajina, bazı aletlerle genişletilebilir. Bu aletler, günde iki defa 15-20 dakika uygulanır ve tedavi yaklaşık olarak 2-18 ay sürer.
Vajinanın tamamının olmadığı durumlardaysa cerrahi tedavi gündeme gelir. Cerrahinin amacı; doğru eksene ve yeterli uzunluğa sahip, cinsel birleşmeye izin veren bir vajinal kanal yaratmak. Bunun için, hastanın durumu daha iyi anlayabildiği yaşları beklemek doğru olur. 17-21 yaş arası idealdir. Cerrahi tedavide hangi yöntemin kullanılacağı, operasyonu gerçekleştiren cerrahın deneyimine bağlı olarak değişebilir.